1-Halobacteriumlarda bacteriorhodopsin (mor renkli) adlı ışığa duyarlı rengini ve kimyasal enerjisini sağladığı pigment içerir. Bacteriorhodopsin hücre zarının dış kısmına proton pompalar. protonların geri akışı hücrenin enerji kaynağı olan ATP sentezinde kullanılmaktadır
2- Çoğu arkae tRNA ve rRNA genlerinde arkaelere has intronlar bulunur ki bunlar ve eukaryotik intronlara ne de bakteriyel intronlara benzer.
3- Bakteri ribozomları bazı kimyasal inhibitörlere duyarlıdır ancak arkae bakteri ve eukaryotik ribozomlar bu maddelere duyarlı değildir. Bu özellik Arkae ve eukaryot arasında yakın bir ilişki olduğunu gösterir.
4-Moleküler biyolojide temel rolü olan genetik transkripsiyon ve translasyon mekanizmaları bakterilere pek benzemeyip çoğu bakımdan ökaryotlara benzemektedir. Örneğin arke translasyonu eukaryotik benzeri başlatma ve uzatma faktörleri kullanır transkripsiyonda eukaryotlardaki gibi TATA-bağlanma proteinleri rol oynar.
5-Tüm bakteri hücre duvarlarının kimyasal yapısı peptidoglikandır. Ancak Arkae hücre duvarları bu bileşiği içermez. Aynı şekilde arkaelar selüloz kitin de üretmezler .Arkaebakterilerde hücre duvarı kimyasal yapısı proteinden oluşur.
6-Arkaea diğer canlılar arasındaki en önemli fark hücre zar yapısındadır.Tek tabakadan oluşması ayrıca kimyasal farklılıklar yapısında çarpıcı farklar bulunur.Bu yapı zorlu koşullara uyumun gereği olduğu varsayılır.
Arkaebakteri zarı ile diğer hücre zarları arasında dört temel fark:
1-gliserol yapısı
2- eter bağlantı
3- isoprenoid zincirleri
4- tarafından zincire dallanma.
5-Arkaebakteri eşeysiz süreci ikiye bölünme şeklinde çoğaltabilir. Bu işlem sırasında bakteriyel DNA kendini eşler. Hücre zarı iki DNA yı ve sitoplazmayı ikiye ayırır ve organizma iki yeni hücreye bölünür. Bazı türler her 20 dakikada bir bölünür.Eşeyli üreme görülmez.