Ebu Said döneminde Timur Devleti tam anlamıyla çözülme sürecine girdi. Anadolu toprakları kaybedildi, Kafkaslar’daki Timur hâkimiyet ortadan kalktı ve Maveraünnehir Özbek toplumların yoğun göçlerine maruz kaldı. Kalabalık Özbek toplumları, Timur Han döneminde başlayan göç dalgalarını Ebu Said Döneminde hızlandırarak kalabalık kitleler halinde Maveraünnehir’e yerleştiler. Özbeklerin zayıflamış olan Timur Devletinin saltanat makamı üzerindeki etkileri derin oldu. Devlet idaresinde giderek daha çok söz sahibi olmayan başlayan Özbekler, Timur Ordusu içerisinde de daha geniş yetkiler aldılar ve siyasi olarak inisiyatifi ele geçirmeye başladılar.
Ebu Said, Maveraünnehir ve Horasan bölgelerinde sarsılan hâkimiyetini sağlamlaştırmak amacıyla Batı Sınırlarındaki Akkoyunlular ile Karakoyunlular üzerine sefere çıktı. Batı sınırlarındaki tehdidi bertaraf etmesi hâkimiyetini güçlendirecek, Merkezi otoritesi de sağlamlaşacaktı. Ancak bu sefer umduğu gibi sonuçlanmadı. Akkoyunlu Hükümdarı Uzun Hasan ile Herat’da yaptığı savaşı kaybeden Ebu Said’in itibarı sarsılmıştı. Saltanat varislerinin bu durumdan istifade ettiler. Timur’un torunu Mirza Baykara’nın oğlu Hüseyin Baykara, Herat’ı ele geçirerek Saltanat makamına yerleşti (1469). Ebu Said bu mağlubiyetten kısa bir süre sonra vefat etti.