Herhangi bir organizmanın bağışıklık sisteminin kendi protein ve dokularına karşı immün yanıt oluşturması olayına Otoimmünite, bu yanıt sırasında oluşan antikorlara Otoantikor denilmektedir. Organizmanın kendi yapılarına karşı otoanükorlarla saldırıya geçmesi sonucu saldırıya uğrayan dokular bozulur. Bu da çeşitli otoimmün hastalık tablolarına neden olur. Otoimmünite denilen bu iç savaşın ortaya çıkmasına neden olan olayları şöyle özetleyebiliriz:
1 )Dokulardaki hücrelerin iç yapısına katılmış ve bir hücre dışına çıkmamış ve bu yüzden immün sistemle karşılaşıp tanışmamış bazı protein ya da başka maddeler, vücudun bağışıklık sistemi tarafından Bizdendir biçiminde tanınmaz. Ama günün birinde, örneğin, bir mekanik darbeyle hücrenin parçalanması sonucu, hücre içinde gizlenmiş olan bu proteinler hücre dışına çıkıp kan dolaşımına katıldıklar nida, vücudun bağışıklık sistemi bu yapıları yabancı olarak algılayıp onlara karşı antikor üretimine başlar. Antikorlar da bu proteinleri kaynaklandığı organlara saldırır.
2) Bazı durumlarda, birtakım kimyasal, fiziksel ya da biyolojik etkenler organizmadaki bazı yapılara antijen özelliği kazandırıp bu yapıların vücudun bağışıklık sistemi tarafından yabancı olarak algılanmalarına neden olurlar, Buna ilişkin üç ayrı örnek verelim: Bazı kimyasal maddeler vücudun çeşitli proteinleriyle birleştikten sonra onlara antijen özelliği kazandırırlar. Bu gibi olaylara verilebilecek en güzel örnek, bazı deterjanlara ve makyaj malzemelerine karşı oluşan egzama tablolarıdır. Kimi virüsler, dokulara bağlanıp onlara antijenik özellik kazandırırlar. Bazı kişilerde güneş ışınlarına karşı duyarlık görülür. Bunun nedeni ultraviyole ışınlarının ciltteki bazı proteinlerin kimyasal yapısını değiştirip onlara antijen Özelliği kazandırma sidir.
3) Bazen, vücuda dışardan girmiş olan yabancıya, yani antijene karşı oluşturulan antikorlar, vücudun bazı proteinlerine de saldırır. Bu olaya Çapraz tepki denilmektedir. Örneğin, kuduz Cerrahi tekniklerin gelişmesi, organ nakillerine olanak sağlamıştır hastalığında yıpranır. kuduz aşısına karşı aşılanan kişide oluşan antikorlar, aynı zamanda kişinin kendi beyin dokusuna da saldırmaktadır. Bu aşılar hazırlanırken layvan beyni kullanılır. Öyleki, aşıdaki hayvan beyni dokusuyla insan beyni dokusu arasındaki benzerlik aşılanan kişinin bağışıklık sisteminin bu farkı yeterince algüayamayıp insan beynine de saldırmasına neden olmaktadır.
4] Bazı durumlarda, antikorları hazırlayan hücreler soysuzlaşıp vücudun kendi dokularına karşı antikorlar, yani otoantikorlar hazırlarlar.