Kapalı kabinli ilk yolcu uçağının da yaratıcısıdır.
Junkers bir dokuma fabrikası sahibinin oğlu olarak Rheydt’te dünyaya geldi. Liseyi bitirdikten sonra 1878’den başlayarak önce Berlin, ardından da Karlsruhe ve Aachen’de makine mühendisliği eğitimi aldı. Mezun olduktan sonra 1883’te değişik makine fabrikalarında tasarımcı olarak çalıştı. Dört yıl sonra da Dessauer Continental-Gesellschaft şirketi müdürü Wilhelm von Oechelhaeuser tarafından işe alındı.
Sol eli doğuştan özürlü olan Junkers, 1890’da Dessau Continental şirketine eşit yetkilerle ortak oldu. Aynı yıl içinde gaz makineleri için bir deneme istasyonu açtılar. Junkers ve Oechelhaeuser burada 1892’de, demir ocaklarında yüksek fırın gazıyla işletilerek motor olarak kullanılan, ilk iki zamanlı, karşıt pistonlu gaz makinesini geliştirdiler. Bu başarıdan sonra Junkers bağımsız mühendis olarak çalışmaya koyuldu. 1893’te gaz halindeki yakıtların ısı değerlerini ölçmek için kalorimetre’yi tasarladı. Bir yıl sonra gazlı şofbeni ve başka ısı değiştirici cihazları yaptı. 1895’te kurduğu Junkers & Co. adlı fabrikasında sıcak su sağlamak ve evleri ısıtmak için gazlı cihazlar üretti.
Junkers 1897’de Aachen Teknik Üniversitesi’ne ısı tekniği profesörü ve makine yapım laboratuvarı müdürü olarak atandı. Bir yıl sonra evlendiği Therese Bennhold ile birlikte oniki çocuk sahibi oldu. 1902’de kendi araştırma laboratuvarını açtı ve burada 1908’de karşıt pistonlu yağ motorunu icat etti. Bu motor aradan çok geçmeden gemi inşaatında kullanılmaya başladı.
Tek kanatlı bir uçak patenti almak üzere başvuruda bulunan Junkers, 1910 yılında tümüyle uçak üretimine yöneldi. O tarihe kadar yapılmış olan düz kanatlı ve üst üste çift kanatlı uçaklarını aksine, Junkers tarafından tasarlanan uçağın, yakıt ve gerekli yükü olabilecek kapasitede çıkma kirişli, kuvvetli profılli kanatları vardı.
Rüzgar kanalında yapılan testlerden sonra, Junkers ince demir saclar halinde kullandığı metalle, bu maddeyi uçak yapımında ilk kez uygulayan tasarımcıdır. 1913’te Magdeburg’da kurduğu Junkers Motorenwerke GmbH ile üretimi başlatacakken, savaşın başlamasıyla bu girişimin başarıya ulaşması engellenmiş oldu. Dessau’daki şirketi de parasal sıkıntıya girince, Junkers, firmasını kapatmak zorunda kaldı. Sahra mutfağı ve mermi kovanı gibi savaş malzemeleri üretmekle firmasını iflas etmekten koruyabildi.
Tümüyle metal gövdeli ilk uçak. Dünyanın düz kanatlı bütünüyle metalden yapılma ilk uçağı olan J 1, saatte 170 km’lik bir hıza ulaştı. Bu uçak 1916’dan sonra seri halinde yalnız askeri amaçlı olarak üretildi. Aşırı ağır yüklenme nedeniyle yetersiz yükselme yeteneği gibi teknik sorunları, Junkers 1917’den sonra hafif metal Duralumin’i kullanarak çözdü. Askeri makamlar Junkers’i savaş ekonomisi çerçevesinde, Hollandalı uçak üreticisi Anthony Fokker ile ortak olmaya zorladılarsa da, bu ortaklık savaş bitiminde sona erdi.
1919’da Dessau’da kurulan Junkers Flugzeugwerke AG (Uçak Fabrikaları AŞ) ürettiği F 13 ile, kapalı yolcu kabinli ilk tam metal gövdeli uçağı piyasaya sürmüş ve böylelikle Almanya’da sivil havacılığı başlatmış oldu. Ürünlerinin satışını güvence altına alabilmek amacıyla, Junkers bir havacılık şirketi işletti. 1923’te kurulan Junkers Lutverkehr (hava taşımacılığı) 1926’da Aero-Lloyd şirketiyle birleşerek Deutsche Lufthansa AG oldu. 20’li yılların sonunda Alman uçak üretiminin yaklaşık olarak üçte biri Junkers tarafından gerçekleştiriliyordu. İlk dizel uçak motorunu tasarlamak ve tek motorlu uçaklardan çok motorlu uçaklara geçmekle teknik gelişimi hızlandırdı. 1930’da üretilen G38, kargo bölümü ve yolcu kabinleri kanatların altına alınan dünyanın en büyük uçağı idi. Üç motorlu Ju 52 (1931) Lufthansa’nın standart uçağı haline geldi ve 40’lı yıllara kadar en çok satılan yolcu uçağı oldu.
Dünya ekonomik buhranı yüzünden sarsıntı geçiren işletmesi, ancak Dessau’daki sıcak su cihazları üreten fabrikasının satışıyla, verimli bir duruma getirilebildi. Nasyonal Sosyalistler Junkers’i 1933′ de şirketlerinin hisse çoğunluğunu Alman Devletine satması için zorlayınca Junkers uçak üretiminden çekildi. Ömrünün son yıllarında metalden inşa edilen yüksek katlı binaların statik hesapları üzerinde çalıştı. 76. doğum gününde Gauting’de hayata gözlerini yumdu. Fabrikaları Nazi’ler tarafından devasa bir askeri üretim tesisine çevrildi. Stuka adı altında bilinen Ju 87 tipi pike bombardıman uçakları en çok tanınan ürünleriydi.