Domates için, kimyasal gübreler yanında organik gübreler kullanılması verim ve kaliteyi arttırmaktadır. Bitkilerin beslenebilmesi için gerekli minarelleri bünyesinde bulundurmaktadır. Toprağın fiziksel ve kimyasal yapısını düzenleyerek bitkilerin topraktan daha kolay beslenmesini sağlayan maddeye organik gübre adı denilmektedir. Toprak hazırlığı sırasında bu gübreler verilmesi gerekmektedir. Domates tohumu ekim ve dikim sırasında da verilmektedir.
Domates için organik gübre; 1 veya 2 ton arasında dekara bu gübreler uygulanması gerekmektedir. Bu organik gübreler ise, Ahır gübresi, Yeşil gübreler, Kompostlar, Diğer organik gübreler, Ticari organik gübreler bulunmaktadır. Bu gübreler domatese verilmektedir. Besin maddesi içerikleri az olduğu için bu gübreler kullanılması gerekmektedir. Toprağın fiziksel yapısını iyileştirmek için önem taşımaktadır. Bu şekilde, bitkinin daha kolay su alabilme ve kullanma özelliğini arttırmaktadır. Bunun yanında makro ve mikro besin maddeleri sağlaması gibi toprağa çok yönlü olumlu katkıları bulunmaktadır.
Domates için organik gübre; Ahır gübresi, içeriğinde bulunan bileşenlerden dolayı oldukça sık kullanılan gübrelerden olmaktadır. Su tutma kapasitesi yükselmektedir. Havalanma özelliğini artırmaktadır. Bitki besin maddelerinin tutulmasını sağlamaktadır. Köklerin daha kolay gelişmesini sağlamaktadır. Yeşil gübre ise, hafif topraklarda ilkbaharda verilmektedir. Ağır topraklarda, sonbaharda verilmektedir. Büyütülmüş yada başka yerlerden getirilmiş yeşil bitki materyalinin toprak altına gömülme işlemi ile oluşmaktadır.
Kompostlar ise, humus niteliğinde olup, tarımsal işletmelerde bulunan çöplerin, hayvansal artıklarının ve mutfak artıklarından kalan besinlerle elde edilmektedir. Bu şekilde, organik yapılı bazı fabrikasyon artıklarının çeşitli işlemlerden sonra mikrobiyal ayrışma sonucu mineralize olmalarından elde edilmektedir.
Bu organik gübreler uygulanırken pulluk ile derine gömülmesi gerekmektedir. Toprak altına gömülecek derinlik, toprak bünyesine göre değişmektedir. Ancak, hafif bünyeli topraklarda yüzeye serpildikten sonra derine gömülmektedir. Domates için organik gübre; Ağır bünyeli topraklarda ise, yüzeye serpildikten sonra, hafifçe derine olmadan karıştırılmaktadır. Bu gübreler, sıcak ve nemli koşullarda ekimden 4 veya 6 hafta önce toprağa uygulanmaktadır. Serin koşullarda ise, bir kaç ay öncesinde uygulanması gerekmektedir. Az ve sık yapılan bu gübrelemelerde eksik kalan bitki besin maddeleri var ise ticari gübre verilmektedir.