Hastalık ve zararlılarla savaş, domates yetiştirilecek alanın seçiminde başlar. Uzun süre sulu tarım yapılan tarlalarda kök hastalıklarının zarar yapması ihtimali daha fazladır. Aynı kültür bitkisinin aynı tarlada üst üste yetiştirilmesi o bitkide zarara yol açan hastalık etmenlerinin topraktaki yoğunluğunu arttırır.

Yabacı otlar pek çok hastalık ve zararlıya yataklık yapar, sonra bu hastalık ve zararlılar  kültür bitkisine geçerek zarar oluştururlar. İyi bir zirai mücadele yabancı ot mücadelesi ile başlamalıdır.

Domates tarımında zirai mücadele, maliyetin çok önemli bir bölümünü oluşturur. Bazı tedbirler önceden alınarak bu yüksek mücadele masrafının düşürülmesi sağlanabilir.

Domateste önemli zararlara neden olan kırmızı örümcekler ve yaprak bitleri tarlalar arasındaki sınırlarda bulunan yabancı otlarda kışlarlar. Bu nedenle zararlılarla yapılan mücadelede çevre ilaçlaması yapmak, yabancı otlarla savaşmak büyük tasarruf ve başarı sağlar. Mücadeledeki ana hedeflerden birisi zararlıyı tarlaya sokmamak olmalıdır.

Domates mildiyösü hastalığı;

Kışı, çürüyen bitkilerde geçiren hastalık etmeni seralarda sadece domateste zararlı olur. Yapraklar üzerinde önce küçük, soluk yeşil ve sarımsı renkte olan lekeler daha sonra kahverengi ve siyah renge döner. 19-22°C ve %80 nemin üstünde salgın oluşur. Hastalık dal ve meyvede de zarar yapabilir. Meyve kızardığı zaman yeşil bir çizgi ile ayrılan esmer lekeler kırmızı kısımdan ayırt edilir.

Domates kurşuni küfü: 20-25°C sıcaklık ve %90-95 oranında nemde özellikle havalandırması iyi olmayan örtü altı yetiştiriciliğinde fungus problem oluşturur. Sporları renksizdir, konukçu bulamayan sporlar kurak şartlarda 2 saatten fazla yaşayamaz.

Domateste erken yaprak yanıklığı hastalığı: Topraktaki bitki artıkları üzerinde kışı geçirir. Funguslar tohumla da bulaşabilir. Hastalık 6-30°C’ ler arasında gelişir. En uygun gelişme mersin escort sıcaklığı ise 28-30°C ‘ dir.

Nemli havada yaprak üzerindeki lekelerde koyu füme veya koyu yeşil renkli kadifemsi görünüşte olan miseller oluşur. Ayrıca meyve ve sapta iç içe halkalar şeklinde zamanla kuruyan lekeler oluşturur.