Domatesin depolanması; hasat edildikten sonra uygun koşullarda muhafaza edilmesi gerekmektedir. Domatesler soğuğa duyarlı ürünler olmaktadır. Depolanma koşulları olgunluk düzeyine bağlı olarak değişmektedir. Domateste depolama yan yana gelecek şekilde karton kasalarda veya plastik kasalarda depolarda muhafaza edilmektedir.

Dünya üzerinde domateste dönüm verimi raporlarına bakıldığın 2,5 ton civarında olduğu görülmektedir. Ayrıca ülkemizde dekar başına üretilen domates miktarı ortalama 3,5 ton civarındadır. Dolayısıyla ülkemizde ortalama verim, dünya genelinin ortalama veriminden daha fazladır. Ülkemizde dekar başına verilen bu rakam seralarda 18 ton/da civarına çıkmaktadır.

Domates tohumu ekiminden hasada kadar hasattan sonra soğuk hava depolarında muhafaza edilmektedir. Depo koşullarında ise şu aşamalardan geçmektedir; Paketleme tesisi, ön soğutma, ön ayıklama, yıkama, kurutma, boylama, diğer uygulamalar, paketleme, depolama ve taşıma şeklinde olmaktadır. Ön Soğutmadan geçmesi gerekmektedir. Tarla sıcaklığının çok hızlı bir şekilde depo için istenen sıcaklığa kadar düşürülmesi gerekmektedir. Domatesler oda soğutması işleminde depo edilmektedir.

Domatesin depolanması. Olgunlaşma dönemini tam olarak tamamlamamış veya yarısına kadar olgunlaşmış şeklinde olan domatesler depo koşulları bulunmaktadır. 8 °C ile 10 °C sıcaklıklarda %80-85 nem koşullarında depolanmaktadır. Bu koşullarda 1 hafta kadar dayanmaktadır.

Yarı olgun domatesler, 12 °C veya 15 °C derece arasında, %85-90 nem koşullarında depolanmaktadır. Kızarmasını tam olarak tamamlanamayan bu domatesler bulunmaktadır. Ancak, bu koşullarda olgunlaşıp kızarmaya devam etmektedir. Depolama süresi 3 hafta kadar depolanmaktadır. 2 haftadan uzun süre 13 °C derece  depolanmaları kızarma olmadan anormal bir bozulmaya da neden olmaktadır. Bu koşullara dikkat edilmesi gerekmektedir. 14 veya 16 °C derece sıcaklıkları bozulma olmadan ve tam bir olgunlaşmanın 14 gün içinde gerçekleşmesi gerekmektedir. 10 °C derecenin altında depolama koşullarında domateste çürümeler olmaktadır. 6 veya 9 gün arasında domates çürümesi meydana gelmektedir.

Domatesin depolanması. Kızarmış olgun domatesler düşük sıcaklıklara daha dayanıklı yapıya sahip olmaktadır. Olgun kırmızı domatesler birkaç gün 7 °C’de depolaması yapılmaktadır. Daha düşük sıcaklıklar renk kaybı, raf ömrünün kısalması ve ürünün kalitesinin bozulmasına neden olmaktadır. Kızarmış olgun domateslerin depo çıkışından sonra daha fazla dayanabilmeleri için pazara kadar 3 hafta dayanabilmektedir. Bu uygulama sadece tam kızarmış domatesler için uygulanmaktadır.

Domates dondurularak muhafaza edilmesi uygun olmamaktadır. Domates çözülünce tad olarak iyi olmamaktadır. Doğranmış veya püre halindeki domates dondurulduktan sonra 6-9 ay -18 °C’de depolanabilir. Depolandıktan sonra domatesler pazara doğrudan tükeciye ulaştırılır.