‘Teşkilat’ 2. bölümde neler olacak? Sevgilisi Ceren’in hain çıkması nedeniyle hayatının en büyük şokunu yaşayan Serdar, bir yandan bu oyuna nasıl geldiğini düşünürken, diğer yandan iç güvenlik tarafından sorgulanır. Uçak kazasının ardından ekibin üyelerinin resmi olarak vefat ettiklerinin ilan edilmesiyle birlikte aileler soluğu Mete’nin yanında alır. Mete acı haberi ailelere verirken, aileleri ve sevdikleriyle iletişim kuramayan ekip üyeleri verdikleri kararın hayatlarını nasıl etkileyeceğini düşünmektedir. İç güvenlik sorgusundan çıkan Serdar, Mete’nin talimatı ile Ceren’le ilişkisini sürdürmek zorunda kalır. Ceren ekip tarafından 24 saat takip altına alınırken; Ceren’den öğrendiği kritik bir bilgi Serdar’ı öfkesi ve görevi arasında tercih yapmak zorunda bırakır. Ekip SİHA saldırısını düzenleyen Pascal’ın izini bulmak için canla başla çalışırken, gizli karargâha gelen Serdar ekip üyeleriyle tanışır. Mete, Serdar’ın da ekibe katıldığını açıklayınca buna en büyük itiraz Zehra’dan gelir. Pascal’ın yurtdışına kaçacağı bilgisi üzerine ekip ilk operasyonları için harekete geçer. Şehit edilen mühendislerin kanını yerde bırakmamaya ant içen ekip Pascal’ı yakalayıp arkasındaki karanlık yapıya ulaşmaya kararlıdır.